MOE

（統合計算化学システム）

MOE（Molecular Operating Environment）は、低分子、ペプチド、タンパク質、抗体、および核酸などの多様な創薬モダリティに対応した分子設計とモデリングソフトウェアです。多彩なアプリケーションと豊富なデータコンテンツを搭載しており、計算科学者だけでなく、合成研究者、バイオロジスト、X線結晶構造解析者などの研究活動を強力に支援します。グラフィックス、コマンドライン、ウェブアプリケーション、ワークフローの各種使用モードと柔軟なカスタマイズにより、ユーザーの研究目的にあわせて最適な分子モデリング環境を構築できます。

tab:{

title:{機能}

3Dグラフィックス

ユーザーフレンドリーなグラフィカルユーザーインターフェース
非結合相互作用の可視化
高品質な画像と動画
GPU アクセラレーション 3D ステレオグラフィックス
複合仮想現実と3Dプリント

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Structure-Based Design

活性部位の検出と解析
ポケット内でのリガンド設計
タンパク質-リガンド相互作用図
ウォーターサイトとエネルギーの予測
誘導フィットドッキング
フラグメントのリンク、伸長、置換

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抗体と生物学的製剤の設計

立体構造に基づくタンパク質工学
開発可能性と問題を引き起こす可能性（liability）の評価
親和性、安定性、溶解度の最適化
ハイスループット抗体モデリング
バーチャルライブラリの生成
タンパク質ータンパク質ドッキングとエピトープマッピング

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MOEsaic - SAR解析

SARとSPRの可視化
Free-Wilson法による化合物の提案
Matched Molecular Pairs(MMP)解析
置換基解析とプロファイリング
部分構造および類似構造検索
新規仮想化合物の設計

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Ligand-Based Design

配座の生成とクラスタリング
低分子のアラインメントと重ね合わせ
ファーマコフォア解析とスクリーニング
コンビナトリアルライブラリーの生成

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タンパク質、核酸モデリング

タンパク質とその相互作用残基、および特徴的分子表面の可視化
アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測
DNA/RNAモデルの構築
突然変異体と側鎖配座の探索
分子動力学シミュレーション
ループ／リンカー探索とサンプリング
タンパク質－タンパク質ドッキング

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バーチャルスクリーニング

3Dファーマコフォアスクリーニング
特徴と形状による束縛条件
低分子ドッキング
2Dおよび3Dフィンガープリントスクリーニング
高速な配座解析データベース構築
化学反応ベースのライブラリー設計

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Fragment-Based Design

母核置換
フラグメントの連結および伸長
メディシナルケミストリー変換
リガンド・ハイブリダイゼーション（BREED）
フラグメント・ライブラリー

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構造バイオインフォマティクス

マルチ配列、および構造アラインメント
3D構造ベースのアミノ酸配列アノテーション
タンパク質ファミリーデータベースの構築と検索
構造データマイニング

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分子シミュレーション

分子力学計算、および分子動力学計算
分子系の前処理の自動化
自由エネルギー計算
複数分子のフレキシブルアラインメント
配座解析ーLowModeMDー
2面角のスキャンと解析
QMベースのMNR、IR、およびVCDスペクトル

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ペプチドモデリング

大環状、および線形ペプチド
ペプチドータンパク質相互作用の同定
配座解析
非天然ペプチドライブラリの網羅的生成
立体構造に基づくペプチド設計
ペプチドのプロパティの最適化
ペプチドドッキング

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構造生物学

電子密度、および差異マップの描画
結晶格子と結晶構造における原子接触の可視化
水分子の位置の予測
電子密度誘導ドッキング
タンパク質ファミリーのアラインメントデータベース
分子置換のためのホモロジーモデリング
タンパク質立体構造の妥当性の検証

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ケモインフォマティクスとQSAR

400以上の2Dおよび3D分子記述子
pKaの予測と水素付加状態の網羅的生成
線形QSAR/QSPRモデル構築
ベイジアン分類モデル
化合物の類似性、ダイバーシティ、およびクラスタリング

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カスタマイズと開発環境

ラップトップ－クラスターマシン－クラウドコンピューティング－ワークフロー
Windows － Linux － macOS
統合型開発環境（SVL － Scientific Vector Language）
サードパーティソフトウェアの統合
カスタムアプリケーション
ウェブ統合、ウェブサービス、およびAPI

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PSILO －タンパク質立体構造データベース

ウェブブラウザインターフェース－ 3D分子構造表示
プロジェクトデータベースの自動キュレーション
3D相互作用検索と統計解析
ポケット類似性検索
タンパク質立体構造の重ね合わせ

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開発元について

開発元であるCCG社のホームページ及びビデオライブラリーもご覧ください。開発元であるCCG社のホームページ及びビデオライブラリーもご覧ください。

title:{サポート}

トレーニング

トレーニングの詳細は、こちらをご覧ください。

title:{SVLプログラムのダウンロード}

CCG社のSVL ExchangeからMOEを使用してアドオンのSVLプログラムをダウンロードできます。

title:{ドキュメント}

MOE2024.06 システム環境解説書

MOE 2024.06のシステム構成、動作環境、各種データベースについて解説
MOE システム環境解説書

MOE2024.06 インストール手順書

MOEのインストール手順を詳細に解説
Windows版
 MacOS版
 Linux版
 アーカイブからのインストール

MOE2024.06 簡易インストール手順書
(MOEのインストール手順を簡易的に解説)

新規インストール手順書（PCにMOEを新規インストールする場合）
一般ユーザー用
 管理者用

バージョンアップ手順書（MOEをバージョンアップする場合）
一般ユーザー用
 管理者用

インストールDVDからインストールする場合の注意事項

【重要】データファイルの結合方法を解説（インストールDVDからインストールする際はこの操作が必要）
【重要】データファイルの準備

ライセンス更新手順書

新しく発行されたライセンスファイルの更新手順を簡易的に解説
ライセンスファイル更新手順書

ライセンスサーバーのリプレース等で、ライセンスサーバーよりライセンスサービスを削除する操作を解説
ライセンスサービスの削除

MOE 2024.0601のリリースに伴うインストールファイル名の変更について

MOE 2024.0601ではインストールファイル名が変更されました。各種手順書を本PDFを参照して読み替えてください。
MOE 2024.06マイナーバージョンアップに伴うインストール用ファイル名変更について

title:{論文一覧}

MOEを使用した論文の一覧です。研究の参考にご利用下さい。
（現在弊社で把握しているものであり、MOEを使用した論文の全てを掲載しているわけではありません。論文を出版された方、一覧に掲載されていない論文をご存知の方は、こちらまでお知らせいただけましたら幸いです。）

また、CCG社のMOE Citationsページもご参照ください。

MOEを使用した論文

Amari, S.; Aizawa, M.; Zhang, J.; Fukuzawa, K.; Mochizuki, Y.; Iwasawa, Y.; Nakata, K.; Chuman, H.; Nakano, T. VISCANA: Visualized Cluster Analysis of Protein-Ligand Interaction Based on the ab Initio Fragment Molecular Orbital Method for Virtual Ligand Screening,J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 221-230.

Arakawa, M.; Hasegawa, K.; Funatsu, K. Tailored scoring function of Trypsin-benzamidine complex using COMBINE descriptors and support vector regression,Chemom. Intell. Lab. Syst., 2008, 92, 145-151.

Auzanneau, F.-I.; Sourial, E.; Schmidt, J.M.; Feher, M. Stochastic conformational search on the Lewis X (Le^x) trisaccharide and three Le^x analogues,Can. J. Chem., 2002, 80, 1088-1095.

Azuma, M.; Kabe, Y.; Kuramori, C.; Kondo, M.; Yamaguchi, Y.;, Handa, H. Adenine Nucleotide Translocator Transports Haem Precursors into Mitochondria,PLoS ONE, 2008, 3, e3070.

Bai, J.-Y.; Ding, W.-G.; Kojima, A.; Seto, T.; Matsuura, H.. Putative binding sites for arachidonic acid on the human cardiac Kv1. 5 channelBritish journal of pharmacology, Wiley Online Library, 2015, Vol. 172(22), pp. 5281-5292

Bajorath, J.. Selected concepts and investigations in compound classification, molecular descriptor analysis, and virtual screening. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 233-245.

Baraldi, P.G.; Cacciari, B.; Moro, S.; Spalluto, G.; Pastorin, G.; Da Ros, T.; Klotz, K.-N.; Varani, K.; Gessi, S.; Borea, P. A.. Synthesis, biological activity, and molecular modeling investigation of new pyrazolo[4,3-e]-1,2,4-triazolo[1,5-c]pyrimidine derivatives as human A(3) adenosine receptor antagonists,J. Med. Chem., 2002, 45, 770-780.

Baraldi, P.G.; Cacciari, B.; Romagnoli, R.; Spalluto, G.; Moro, S.; Klotz, K.-N.; Leung, E.; Varani, K.; Gessi, S.; Merighi, S.; Borea, P.A.. Pyrazolo [4,3-e]-1,2,4-triazolo[1,5-c]pyrimidine derivatives as highly potent and selection human A(3) adenosine receptor antagonists: Influence of the chain at the N(8) pyrazole nitrogen,J. Med. Chem., 2000, 43, 4768-4780.

Baudry, J.; Li, W.; Pan, L.; Berenbaum, M.R.; Schuler, M.A.. Molecular docking of substrates and inhibitors in the catalytic site of CYP6B1, an insect cytochrome P450 monooxygenase, Protein Eng., 2003, 16, 577-587.

Baurin, N.; Mozziconacci JC.; Arnoult, E.; Chavatte, P; Marot, C.; Morin-Allory, L.. 2D QSAR Consensus Prediction for High-Throughput Virtual Screening. An Application to COX-2 Inhibition Modeling and Screening of the NCI Database, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 276-285.

Cen, X.; Nitta, A.: Ohya, S.; Zhao, Y.; Ozawa, N.;, Mouri, A.; Ibi, D.; Wang, L.; Suzuki, M.; Saito, K.; Ito, Y.; Kawagoe, T.; Noda, Y.; Ito, Y.; Furukawa, S.; Nabeshima, T.. An Analog of a Dipeptide-Like Structure of FK506 Increases Glial Cell Line-Derived Neurotrophic Factor Expression through cAMP Response Element-Binding Protein Activated by Heat Shock Protein 90/Akt Signaling Pathway,J. Neurosci., 2006, 26, 3335-3344.

Chen. R.; Yokoyama, M.; Sato, H.; Reilly, C.; Mansky, L.M.. Human Immunodeficiency Virus Mutagenesis during Antiviral Therapy: Impact of Drug-Resistant Reverse Transcriptase and Nucleoside and Nonnucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors on Human Immunodefiency Virus Type 1 Mutation Frequencies, J. Virol., 2005, 79, 12045-12057.

Chou. K.-C.; Howe, W.J. Prediction of the tertiary structure of the beta-secretase zymogen. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2002, 292, 702-708.

Daines, R.A.; Pendrak, I.; Sham, K.; Van Aller, G.S.; Konstantinidis, A.K.; Lonsdale, J.T.; Janson, C.A.; Qiu, X.; Brandt, M.; Khandekar, S.S.; Silverman, C.; Head, M.S.. First x-ray cocrystal structure of a bacterial FabH condensing enzyme and a small molecule inhibitor achieved using rational design and homology modeling. J. Med. Chem., 2003, 46, 5-8.

Demura, M.; Yoshida, T.; Hirokawa, T.; Kumaki, Y.; Aizawa, T.; Nitta, K.; Bitter, I.; Toth ,K.. Interaction of dopamine and acetylcholine with an amphiphilic resorcinarene receptor in aqueous micelle system, Bioorg. Med. Chem. Lett., 2005, 15, 1367-1370.

Ding Y.; Wang L.; Liu B.; Ren G.; Okubo R.; Yu J.; Zhang C.. Bryodulcosigenin attenuates bleomycin-induced pulmonary fibrosis via inhibiting AMPK-mediated mesenchymal epithelial transition and oxidative stress, Phytother. Res., 2022, 36(10), 3911-3923.

Duffy, K.J.; Shaw, A.N.; Delorme, E.; Dillon, S.B.; Erickson-Miller, C.; Giampa, L.; Huang, Y.; Keenan, R.M.; Lamb, P.; Liu, N.; Miller, S.G.; Price, A.T.; Rosen, J.; Smith, H.; Wiggall, K.J.; Zhang, L.; Luengo, J.I.. Identification of a pharmacophore for thrombopoietic activity of small, non-peptidyl molecules. 1. Discovery and optimization of salicylaldehyde thiosemicarbazone thrombopoietin mimics, J. Med. Chem., 2002, 45, 3573-3575.

Duffy, K.J.; Price, A.T.; Delorme, E.; Dillon, S.B.; Duquenne, C.; Erickson-Miller, C.; Giampa, L.; Huang, Y.; Keenan, R.M.; Lamb, P.; Liu, N.; Miller, S.G.; Rosen, J.; Shaw, A.N.; Smith, H.; Wiggall, K.J.; Zhang, L.; Luengo, J.I.. Identification of a pharmacophore for thrombopoietic activity of small, non-peptidyl molecules. 2. Rational design of naphtho[1,2-d] imidazole thrombopoietin mimics, J. Med. Chem., 2002, 45, 3576-3578.

Ermondi, G.; Caron, G.; Lawrence, R.; Longo, D.. Docking studies on NSAID/COX-2 isozyme complexes using Contact Statistics analysis.J. Comput. Aided. Mol. Des., 2004, 18, 683-696.

Esposito, E.X.; Baran, K.; Kelly, K.; Madura, J.D.. Docking of sulfonamides to carbonic anhydrase II and IV.J. Molec. Graph. and Mod., 2000, 18, 283-289.

Esposito, E.X.; Baran, K.; Kelly, K.; Madura, J.D.. Docking substrates to metalloenzymes.Molecular Simulation, 2000, 24, 293-306.

Feher, M.; Schmidt, J.M.. Property distributions: Differences between drugs, natural products, and molecules from combinatorial chemistry, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2003, 43, 218-227.

Feher, M.; Schmidt, J. Metric and multidimensional scaling: Efficient tools for clustering molecular conformations,J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 346-353.

Feher, M.; Schmidt, J.M.. Multiple flexible alignment with SEAL: A study of molecules acting on the colchicine binding site,J. Chem. Inf. Comput Sci. , 2000, 40, 495-502.

Feher, M.; Sourial, E.; Schmidt, J.M.. A simple model for the prediction of blood-brain partitioning. Int. J. Pharmaceutics, 2000, 201, 239-247.

Fukiage, C.; Nakajima, E.; Ma, H.; Azuma, M.; Shearer, T.R.. Charaterization and regulation of lens-specific calpain Lp82, J. Biol. Chem., 2002, 277, 20678-20685.

Fukuhara, T.; Kobayashi, K.; Kanayama, Y.; Enomoto, S.; Kondo, T.; Tsunekawa, N.; Nemoto, M.; Ogasawara, N.; Inagaki, K.; Tamura, T.. Identification and characterization of the zosA gene involved in copper uptake in Bacillus subtilis 168, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 2016, 80, 600-609.

Gagnon, L.; DiMarco, M.; Kirby, R.; Zacharie, B.; Penney, C.L.. D-LysAsnProTyr tetrapeptide: a novel B-cell stimulant and stabilized bursin mimetic, Vaccine, 2000, 18, 1886-1892.

Gao, H. Application of BCUT metrics and genetic algorithm in binary QSAR analysis,J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 402-407.

Gao, H.; Williams, C.; Labute, P; Bajorath, J.
Binary quantitative structure – activity relationship (QSAR) analysis of estrogen receptor ligands.J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 164-168.

「基礎と実習　バイオインフォマティクス」郷通子、高橋健一　編、2004, 共立出版（株）

Godden, J.W.; Furr, J.R.; Bajorath, J.Recursive median partitioning for virtual screening of large databases, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2003, 43, 182-188.

Godden, J.W.; Bajorath, J.. Chemical Descriptors with Distinct Levels of Information Content and Varying Sensitivity to Differences between Selected Compound Databases Identified by SE-DSE Analysis,J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2002, 42, 87-93.

Godden, J.W.; Xue, L.; Kitchen, D.B.; Stahura, F.L.; Schermerhorn, E.J.; Bajorath, J. Median partitioning.. A novel method for the selection of representative subsets from large compound pools, J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 2002, 42, 885-893.

Godden, J.W.; Stahura, F.L.; Bajorath, J.. Variability of molecular descriptors in compound databases revealed by shannon entropy calculations, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40, 796-800.

Godden, J.W.; Xue, L.; Bajorath, J.. Combinatorial preferences affect molecular similarity/diversity calculations using binary fingerprint and Tanimoto coefficients,J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40, 163-166.

Goto, J.; Kataoka, R.; Hirayama, N.. Ph4Dock: Pharmacophore-Based Protein-Ligand Docking. J. Med. Chem., 2004, 47, 6804-6811.

Goto, J.; Kataoka, R.; Muta H.; Hirayama, N.. ASEDock-Docking Based on Alpha Spheres and Excluded Volumes. J. Chem. Inf. Model., 2008, 48, 583-590.

Giuliano, B.; Clayton, S.; Nigel, J., W.; Franco, L.. In Silico Prediction of Volume of Distribution in Human Using Linear and Nonlinear Models on a 669 Compound Data Set. J. Med. Chem., 2009, 52, 4488-4495.

Hashimoto, M.; Taguchi, T.; Ishikawa, K.; Mori, R.; Hotta, A.; Watari, S.; Katakawa, K.; Kumamoto, T.; Okamoto, S.; Ichinose, K.. Unveiling Two Consecutive Hydroxylations: Mechanisms of Aromatic Hydroxylations Catalyzed by Flavin-Dependent Monooxygenases for the Biosynthesis of Actinorhodin and Related Antibiotics, ChemBioChem 2019, 20, 1-6.

Hamada T, Kawashima M, Watanabe H, Tagami J, Senpuku H.. Molecular interactions of surface protein peptides of Streptococcus gordonii with human salivary components.Infect. Immun. 2004, 72(8), 4819-26.

Hasegawa, K.; Koyama, M.; Funatsu, K.. Quantitative Prediction of Regioselectivity Toward Cytochrome P450/3A4 Using Machine Learning Approaches.
Mol. Inf. 2010, 29, 243-249.

Hasegawa, K.; Funatsu, K.. Advanced PLS Technique Focusing on Visualization and Chemical Interpretation – SOMPLS Analysis of Serine Protease Inhibitors -.
J. Comput. Aided. Chem., 2010, 11, 56-61.

Hashimoto, M.; Watari, S.; Taguchi T.; Ishikawa K.; Kumamoto T.; Okamoto S.; Ichinose K.. Actinorhodin Biosynthesis Terminates with an Unprecedented Biaryl Coupling Reaction. Angew. Chem., Int. Ed. 2022, https://doi.org/10.1002/anie.202214400

Hidaka, K.; Kimura, T.; Abdel-Rahman, H., M.; Nguyen, J.-T.; McDaniel, K., F.; Kohlbrenner, W., E.; Katsuki, N.; Tanaka, Y.; Matsumoto, H.; Wang, J.; Hayashi, Y.; Kempf, D., J.; Kiso, Y.. Small-Sized Human Immunodeficiency Virus Type-1 Protease Inhibitors Containing Allophenylnorstatine to Explore the S₂‘ Pocket. J. Med. Chem., 2009, 52, 7604-7617.

Howarth, N.M.; Purohit, A.; Robinson, J.J.; Vicker, N.; Reed, M.J.; Potter, B.V.L.. Estrone 3-sulfate mimics, inhibitors of estrone sulfatase activity: Homology model construction and docking studies, Biochemistry, 2002, 41, 14801-14814.

Huang, J.; Hamasaki, T.; Ozoe, F.; Ohta, H.; Enomoto, K.; Kataoka, H.; Sawa Y.; Hirota, A.; Ozoe, Y.. Identification of Critical Structural Determinants Responsible for Octopamine Binding to the R-Adrenergic-like Bombyx mori Octopamine Receptor. Biochemistry, 2007, 46, 5896-5903.

Ishii, K.; Kondo, K.; Takahashi, M.; Kimura M.; Endoh, M.. An amino acid residue whose change by mutation affects drug binding to the HERG channel,FEBS Letters, 2001, 506, 191-195.

Ito, S.; Nakahari, T.; Yamamoto, D.. The structural feature surrounding glycated lysine residues in human hemoglobin,Biomed. Res.,2011,32.217-223.

Ito, S.; Nakahari, T.; Yamamoto, D.. Relationship between impaired glycation and the N-terminal structure of the Hb Görwihl [$5 (A2) Pro->Ala] variant,Hemoglobin,2010,34.151-156.

Ito, S.; Yamamoto, D.. Identification of two bromocresol purple binding sites on human serum albumin, Clin. Chim. Acta, 2010,411.1536-1538.

片岡良一、後藤純一「バイオインフォマティクスと創薬」ポストシークエンスタンパク質実験法 1ー全タンパク質の解析ー大島泰郎、鈴木紘一、藤井義明、村松喬　編、p191-201、 2002,（株）東京化学同人

片岡良一、後藤純一ASEDock—結合部位の形状に基づくドッキングMolecular Science, 2008, 2, NP008.

Kataoka, R.; Amari, S.; Ikegami, T.; Hirayama, N. HLABAP: HLA Class I-Binding Antigenic Peptide Predictor, CBIJ., 2020, 20, 1-4.

Katada, S.; Hirokawa, T.; Oka, Y.; Suwa, M.; Touhara, K.. Structural Basis for a Broad But Selective Ligand Spectrum of a Mouse Olfactory Receptor: Mapping the Odorant-Binding Site, J. Neurosci., 2005, 25, 1806-1815.

Kinomoto, M.; Yokoyama, M.; Sato, H.; Kojima, A.; Kurata, T.; Ikuta, K.; Sata, T.; Tokunaga, K.. Amino Acid 36 in the Human Immunodeficiency Virus Type 1 gp41 Ectodomain Controls Fusogenic Activity: Implications for the Molecular Mechanism of Viral Escape from a Fusion Inhibitor,J. Virol., 2005, 79, 5996-6004.

Kinomoto, M.; Appiah-Opong, R.; Brandful, J.A.M.; Yokoyama, M.; Nii-Trebi, N.; Ugly-Kwame, E.; Sato, H.; Ofori-Adjei, D.; Kurata, T.; Barre-Sinoussi, F.O.; Sata, T.; Tokunaga, K.. HIV-1 proteases from drug-na ve West African patients are differentially less susceptible to protease inhibitors,
Clin. Infect. Dis., 2005, 41, 243-251.

Kiso, A.; Hidaka, K.; Kimura, T.; Hayashi, Y.; Nezami, A.; Freire, E.; Kiso, Y.. Search for substrate-based inhibitors fitting the S2′ space of malarial aspartic protease plaasmepsin II, J. Peptide Sci., 2004, 10, 641-647.

Kobayashi, K.; Oishi, S.; Hayashi, R.; Tomita, K.; Kubo, T.; Tanahara, N.; Ohno, H.; Yoshikawa, Y.; Furuya, T.; Hoshino, M.; Fujii, N.. Structure-Activity Relationship Study of a CXC Chemokine Receptor Type 4 Antagonist, FC131, Using a Series of Alkene Dipeptide Isosteres, Journal of Medicinal Chemistry,2012,55.2746-2757.

Kojima, A.; Fukushima, Y.; Ito, Y.; Ding, WG.; Ueda, R.; Seto, T.; Kitagawa, H.; Matsuura, H.. Interactions of propofol with human voltage-gated Kv1.5 channel determined by docking simulation and mutagenesis analyses, J Cardiovasc Pharmacol, 2018, 71, 10-18.

Kotake, T.; Hayashi, Y.; Rajesh, S.; Mukai, Y.; Takiguchi, Y.; Kimura, T.; Kiso, Y.. Design and synthesis of a new polymer-supported Evans-type oxazolidinone: an efficient chiral auxiliary in the solid-phase asymmetric alkylation reaction,Tetrahedron, 2005, 61, 3819-3833.

Kubo, Y.; Yokoyama, M.; Yoshii, H.; Mitani, C.; Tominaga, C.; Tanaka, Y.; Sato, H.; Yamamoto, N.. Inhibitory role of CXCR4 glycan in CD4-independent X4-tropic human immunodeficiency virus type 1 infection and its abrogation in CD4-dependent infection, J. Gen. Virol., 2007, 88, 3139-3144.

Kurotsuchi A.; Murakumo Y.; Jijiwa M.; Kurokawa K.; Itoh Y.; Kodama Y.; Kato T.; Enomoto A.; Asai N.; Terasaki H.; Takahashi M.. Analysis of DOK-6 function in downstream signaling of RET in human neuroblastoma cells, Cancer Sci., 2010, 101, 1147-1155.

Labute, P.; Nilar, S.; Williams, C.. A Probabilistic Approach to High Throughput Drug Discovery,Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, 2002, 5, 135-145.

Labute, P.; Williams, C.; Feher, M.; Sourial, E.; Schmidt, J.M.. Flexible alignment of small molecules,J. Med. Chem., 2001, 44, 1483-1490.

Labute, P.. A widely applicable set of descriptors, J. Mol. Graphics Mod. , 2000, 18, 464-477.

Li, X.; Baudry, J; Berenbaum, M.R.; Schuler, M.A.. Structural and functional evolution of insect CYP6B proteins: from specialist to generalist P450,Proc. Natl. Acad. Sci. , 2004, 101, 2939-2944.

Lindstrom, A.; Pettersson, F; Almqvist, F; Berglund, A.; Kihlberg, J.; Linusson, A.. Hierarchical PLS Modeling for Predicting the Binding of a Comprehensive Set of Structurally Diverse Protein-Ligand Complexes, J. Chem. Inf. Model. , 2006, 46, 1154-1167.

Maeda, M.H.; Toda, K.; Kaga, A.. Novel Soybean Variety Lacking Raffinose Synthase 2 Activity, ACS Omega, 2024, 9, 2134-2144.

Manavalan, B.; Murugapiran, S.K.; Lee, G.; Choi, S.. Molecular modeling of the reductase domain to elucidate the reaction mechanism of reduction of peptidyl thioester into its corresponding alcohol in non-ribosomal peptide synthetases. BMC Struct. Biol., 2010, 10:1.

Meagher, K. L.; Lerner, M. G.; Carlson, H. A.. Refining the Multiple Protein Structure Pharmacophore Method: Consistency across Three Independent HIV-1 Protease Models, J. Med. Chem., 2006, 49, 3478-3484.

Misumi, S.; Endo, M.; Mukai, R.; Tachibana K.;Umeda M.; Honda, T.,Takamune, N.; Shoji, S.. A Novel Cyclic Peptide Immunization Strategy for Preventing HIV-1/AIDS Infection and Progression, J. Biol. Chem. , 2003, 278, 32335-32343.

Motomura, K.; Oka, T.; Yokoyama, M.; Nakamura, H.;Mori, H.; Ode, H.; Hansman, GS.; Katayama, K.; Kanda, T.; Tanaka, T.; Takeda, N.; Sato, H.. the Norovirus Surveillance Group of Japan: Identification of Monomorphic and Divergent Haplotypes in 2006/2007 Norovirus GII/4 Epidemic Population by Genome-wide Tracing of Evolutionary History, J. Virol., 2008, 82, 11247-11262.

Murayama, N.; Imai, N.; Nakane, T.; Shimizu, M.;Yamazaki, H.. Roles of CYP3A4 and CYP2C19 in methyl hydroxylated and N-oxidized metabolite formation from voriconazole, a new anti-fungal agent, in human liver microsomes, Biochem. Pharmacol. , 2007, 73, 2020-2026.

Nagata, N.; Iwata, N.; Hasegawa, H.; Fukushi, S.; Yokoyama, M.; Harashima, A.; Sato, Y.; Saijo, M.; Morikawa, S.; Sata, T.. Participation of both host and virus factors in induction of severe acute respiratory syndrome in F344 rats infected with SARS coronavirus, J. Virol., 2007, 81, 1848-1857.

Naganawa, S.; Yokoyama, M.; Shiino, T.; Suzuki, T.; Ishigatsubo, Y.; Ueda, A.; Shirai, A.; Takeno, M.; Hayakawa, S.; Sato, S.; Tochikubo, O.; Kiyoura, S.; Sawada, K.; Ikegami, T.; Kanda, T.; Kitamura, K.; Sato, H.. Net Positive Charge of HIV-1 CRF01_AE V3 Sequence Regulates Viral Sensitivity to Humoral Immunity, PLoS ONE, 2008, 3, e3206.

Nayeem, A.; Sitkoff, D.; Krystek, S., Jr.. A comparative study of available software for high-accuracy homology modeling: From sequence alignments to strucutural models, Protein Science., 2006, 15, 808-824.

Nishigaya, Y.; Fujimoto, Z.; Yamazaki, T.. Optimized inhibition assays reveal different inhibitory responses of hydroxylamine oxidoreductases from beta- and gamma-proteobacterial ammonium-oxidizing bacteria, Biochem Biophys Res Commun., 2016, 476, 127-133.

西ヶ谷有輝、土屋渉、藤本瑞、鈴木倫太郎、山崎俊正「構造ベース創農薬による硝化抑制剤の開発～農薬開発に必要なイノベーション～」日本農薬学会誌, 2019, 44(1), 44-51.

Nishioka, T.; Endo-Umeda, K.; Ito, Y.; Shimoda, A.; Takeuchi, A.; Tode, C.; Hirota, Y.; Osakabe, N.; Makishima, M.; Suhara, Y.. Synthesis and In Vitro Evaluation of Novel Liver X Receptor Agonists Based on Naphthoquinone Derivatives, Molecules, 2019, 24, 4316.

Niwa, T.; Asaki, T.; Kimura, S.. NS-187 (INNO-406), a Bcr-Abl/Lyn Dual Tyrosine Kinase Inhibitor, Analytical Chemistry Insights., 2007, 2, 93-106.

Ogola, H., J., O.; Kamiike, T.; Hashimoto, N.; Ashida H.; Ishikawa T.; Shibata H.; Sawa Y.. Molecular characterization of a novel peroxidase from the cyanobacterium Anabaena sp. strain PCC 7120. Applied and Environmental Microbiology, 2009, 75, 7509-7518.

Oka, T.; Yamamoto, M.; Yokoyama, M.; Ogawa, S.; Hansman, G. S.; Katayama, K.; Miyashita, K.; Takagi, H.; Tohya, Y.; Sato, H.; Takeda, N.. Highly conserved configuration of catalytic amino acid residues among calicivirus-encoded proteases,J. Virol., 2007, 81, 6798-6806.

Okamoto, M.; Takayama, K.; Shimizu, T.; Ishida, K.; Takahashi, O.; Furuya, T.. Identification of Death-Associated Protein Kinases Inhibitors Using Structure-Based Virtual Screening,J. Med. Chem., 2009, 52, 7323-7327.

Okazaki, S.; Suzuki, A.; Komeda, H.; Yamaguchi, S.; Asano, Y.; Yamane, T.. Crystal Structure and Functional Characterization of a D-Stereospecific Amino Acid Amidase fromOchrobactrum anthropi SV3, a New Member of the Penicillin-recognizing Proteins, J. Mol. Biol., 2007, 368, 79-91.

Okazaki, S.; Suzuki, A.; Mizushima, T.; Kawano, T.;Komeda, H.; Asano, Y.; Yamane, T.. The Novel Structure of a Pyridoxal 5′-Phosphate-Dependent Fold-Type I Racemase, α-Amino-ε-caprolactam Racemase from Achromobacter obae, Biochemistry, 2009, 48, 941-950.

大川原　正、岡本良成、大塚雅巳「薬剤耐性克服と創薬-イマチニブの耐性克服をどうするか」癌治療と宿主、2005, vol.17 No.2, p63(157)-71(165)

Pan, L.; Wen, Z.; Baudry, J.; Berenbaum, M.R.; Schuler, M.A.. Identification of Variable Amino Acids in the SRS1 Region of CYP6B1 Modulating Furanocoumarin Metabolism, Arch. Biochem. Biophys., 2004, 422, 31-41.

Rose, S. Statistical design and application to combinatorial chemistry, Drug Discovery Today, 2002, 7, 133-138.

Rupasinghe, S.; Baudry, J.; Schuler, M.A.. Common active site architecture and binding strategy of four phenylpropanoid P450s from Arabidopsis thaliana as revealed by molecular modeling, Protein Eng., 2003, 16, 721-731.

Song, H.; Nakayama, E. E.; Yokoyama, M.; Sato, H.; Levy, J. A.; Shioda, T.. A single amino acid of the human immunodeficiency virus type 2 capsid affects its replication in the presence of cynomolgus monkey and human TRIM5as, J. Virol., 2007, 81, 7280-7285.

Sato, F.; Hojo, S.; Sun, H. On the Transferability of Force Field Parameters-With an ab Initio Force Field Developed For Sulfonamides, J. Phys. Chem. A , 2003, 107, 248-257.

Schefzick, S.; Bradley, M.. Comparison of commercially available genetic algorithms: gas as variable selection tool, J. Comput. Aided. Mol. Des., 2004, 18, 511-521.

Shimada, T.; Murayama, N.; Tanaka, K.; Takenaka, S; Imai, Y.; Hopkins, N.E.; Foroozesh, M.K.; Alworth, W.L.; Yamazaki, H.; Guengerich, F.P.; Komori, M.. Interaction of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons with Human Cytochrome P450 1B1 in Inhibiting Catalytic Activity, Chem. Res. Toxicol., 2008, 21, 2313-2323.

Shirakawa, K.; Takaori-kondo, A.; Yokoyama, M.; Izumi, T; Matsui, M.; Io, K.; Sato, T.; Sato, H.; Uchiyama, T.. Protein kinase A-mediated phosphorylation regulates the interaction between APOBEC3G and HIV-1 Vif, Nat. Struct. Mol. Biol., 2008, 15, 1184-1191.

Soderling, S.H.; Beavo, J.A.. Regulation of cAMP and cGMP signaling: new phosphodiesterases and new functions, Current Opinion in Cell Biology, 2000, 12, 174-179.

Song, M.; Breneman, C.M.; Bi, J.; Sukumar, N.; Bennett, K.P.; Cramer, S.; Tugcu, N.. Prediction of protein retention times in anion-exchange chromotography systems using support vector regression, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2002, 42, 1347-1357.

Takaoka, Y.; Ohta, M.; Takeuchi, A.; Miura, K.; Matsuo, M.; Sakaeda, T.; Sugano, A.; Nishio, H.. Ligand orientation governs conjugation capacity of UDP-glucuronosyltransferase 1A1, J. Biochem., 2010, 148, 25-28.

Sutoh, S.; Uemura, Y.; Yamaguchi, Y.; Kiyotou, A.; Sugihara, R.; Nagayasu, M.; Kurokawa, M.; Ito, K.; Tsunekawa, N.; Nemoto, M.; Inagaki, K.; Tamura, T.. Redox-tuning of oxidizing disulfide oxidoreductase generates a potent disulfide isomerase, BBA Proteins and Proteomics, 2019, 1867, 194-201.

Tamura, T.; Tsunekawa, N.; Nemoto, M.; Inagaki, K.; Hirano, T.; Sato, F.. Molecular evolution of gas cavity in [NiFeSe] hydrogenases resurrected in silico, Scientific Reports, 2016, 6.

Tanaka, S.; Nishiyori, T.; Kojo, H.; Otsubo, R.; Tsuruta, M.; Kurogi, K.; Liu, MC.; Suiko, M.; Sakakibara, Y.; Kakuta, Y.. Structural basis for the broad substrate specificity of the human tyrosylprotein sulfotransferase-1, Scientific Reports, 2017, 7.

Tanaka, T.; Okuda, T.; Yamamoto, Y.. Characterization of the CYP3A4 Active Site by Homology Modeling, Chem. Pharm. Bull., 2004, 52, 830-835.

Tanaka, T.; Kamiguchi, N.; Okuda, T.; Yamamoto, Y.. Characterization of the CYP2C8 Active Site by Homology Modeling, Chem. Pharm. Bull., 2004, 52, 836-841.

Teramoto, T.; Sakakibara, Y.; Inada, K.; Kurogi, K.;Liu, M.; Suiko, M.; Kimura, M.;Kakuta, Y.. Crystal structure of mSULT1D1, a mouse catecholamine sulfotransferase, FEBS Letters, 2008, 582, 3909-3914.

Tomimoto, Y.; Yamazaki, R.; Shirai, H.; Increasing the melting temperature of VHH with the in silico free energy score, J. Scientific Reports, 2023,13. 4922.

Tomitori, H.; Suganami, A.; Saiki, R.; Mizuno, S.; Yoshizawa, Y.; Masuko, T.; Tamura, Y.; Nishimura, K.; Toida, T.; Williams, K.; Kashiwagi, K.; Igarashi, K. Structural Changes of Regulatory Domain Heterodimer of N-Methyl-d-aspartate Receptor Subunits GluN1 and GluN2B through the Binding of Spermine and Ifenprodil, J. Pharmacol. Exp. Ther., 2012,343. 82-90.

Torimoto-katori, N.; Huang, R.; Kato, H.; Ohashi, R.; Xia, M. In Silico Prediction of hPXR Activators Using Structure-Based Pharmacophore Modeling, J. Pharm. Sci., 2017, in press.

Ueno, Y.; Kato, T.; Sato, K.; Ito, Y.; Yoshida, M.; Inoue, T.; Shibata, A.; Ebihara, M.; Kitade, Y.. Synthesis and Properties of Nucleic Acid Analogues Consisting of a Benzene-Phosphate BackboneJ. Org. Chem., 2005, 70, 7925-7935.

Wang, L.; Wang, J.; Ren G.; Sun S.; Nishikawa K.; Yu J.; Zhang C.. Ameliorative effects of the Coptis inflorescence extract against lung injury in diabetic mice by regulating AMPK/NEU1 signaling, Phytomedicine, 2023, 118, 154963.

Warr, W.. Virtual high-throughput screening: Computational tools for drug discovery and design. Spectrum, Drug Discovery and Design, 2001, Issue 10, 1-16.

Whitling, J.M.; Spreitzer, G.; Wright, D.M.. A combinatorial and informatics approach to CdS nanoclusters, Advanced Materials, 2000, 12, 1377-1380.

Wildman, S.A.; Crippen, G.M. Prediction of physicochemical parameters by atomic coordinates, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 868-873.

Xue, L.; Stahura, F.L.; Godden, J.W.; Bajorath, J.. Fingerprint scaling increases the probability of identifying molecules with similar activity in virtual screening calculations, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 746-53.

Xue, L.; Godden, J.W.; Gao, H.; Bajorath, J.. Mini-fingerprints detect similar activity of receptor ligands previously recognized only by three-dimensional pharmacophore-based methods, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 394-401.

Xue, L.; Bajorath, J.. Molecular descriptors for effective classification of biologically active compounds based on principal component analysis identified by a genetic algorithm, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40, 801-809.

Xue, L.; Godden, J.W.; Bajorath, J.. Database searching for compounds with similar biological activity using short binary bit string representations, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 881-886.

Xue, L.; Godden, J.W.; Gao, H.; Bajorath, J.. Identification of a preferred set of descriptors for compound classification based on principcal component analysis, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 669-704.

Yamamoto, Y.; Shuto, S.; Tamura, Y.; Kodama, T.; Hoshika, S.; Ichikawa, S.; Ueno, Y.; Ohtsuka, E.; Komatsu, Y.; Matsuda, A.. Oligodeoxynucleotides Having a Loop Consisting of 3′-Deoxy-4′-C-(2-hydroxyethyl)thymidines Form Stable Hairpins. Biochemistry, 2004, 43, 1218-1227.

Yasri, A.; Hartsough, D.. Toward an optimal procedure for variable selection and QSAR model building. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 8690-8699.

Yoshida, K.; Niwa, T.Quantitative Structure-Activity Relationship Studies on Inhibition of HERG Potassium Channels. J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 1371-1378.

Yoshikawa, Y.; Kobayashi, K.; Oishi, S.; Fujii, N.; Furuya, T.. Molecular modeling study of cyclic pentapeptide CXCR4 antagonists: New insight into CXCR4–FC131 interactions, Bioorganic & medicinal chemistry letters, 2012,22.2146-2150.

Yoshikawa, Y.; Oishi, S.; Kubo, T.; Tanahara, N.; Fujii, N.; Furuya, T.. An optimized method of G-protein coupled receptor homology modeling: its application to the discovery of novel CXCR7 ligands, Journal of medicinal chemistry,2013.

Akisawa, K.; Sakuma, Y.; Tsukamoto, A.; Doi, H.; Okuwaki, K.; Hirano, Y.; Yamamoto, E.; Yasuoka, K.; Mochizuki, Y.. FMO-based interaction analysis on DEET/icaridin—AgamOBP1 complex, Chemistry Letters, Volume 54, Issue 2, February 2025, upaf030,

当社製MOEアドオンプログラムASEDockを使用した論文

Anraku, K.; Inoue, T.; Sugimoto, K.; Kudo, K.; Okamoto, Y.; Morii, T.; Mori, Y.; Otsuka, M.. Design and synthesis of biotinylated inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate targeting Grp1 pleckstrin homology domain, Bioorg. Med. Chem.,2011,19. 6833 – 6841.

Azuma, M.; Kabe, Y.; Kuramori, C.; Kondo, M.; Yamaguchi, Y.; Handa, H.. Adenine Nucleotide Translocator Transports Haem Precursors into Mitochondria, PLoS ONE, 2008,3. e3070.

Cen, X.; Nitta, A.; Ibi, D.; Zhao, Y.; Niwa, M.; Taguchi, K.; Hamada, M.; Ito, Y.; Ito, Y.; Wang, L.; Nabeshima, T.. Identification of Piccolo as a regulator of behavioral plasticity and dopamine transporter internalization, Mol Psychiatry, 2008,13.451-463.

Chutiwitoonchai, N.; Hiyoshi, M.; Mwimanzi, P.; Ueno, T.; Adachi, A.; Ode, H.; Sato, H.; Fackler, O. T.; Okada, S.; Suzu, S.. The Identification of a Small Molecule Compound That Reduces HIV-1 Nef-Mediated Viral Infectivity Enhancement, PLoS ONE, 2011,6.e27696.

Daiyasu, H.; Hirokawa, T.; Kamiya, N.; Toh, H.. Computational analysis of ligand recognition mechanisms by prostaglandin E₂ (subtype 2) and D₂ receptors, Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling (Theoretica Chimica Acta), 2011,130.1131-1143.

Dau, P.; Sakai, H.; Hirano, M.; Ishibashi, H.; Tanaka, Y.; Kameda, K.; Fujino, T.; Kim, E.; Iwata, H.. Quantitative Analysis of the Interaction of Constitutive Androstane Receptor with Chemicals and Steroid Receptor Coactivator 1 Using Surface Plasmon Resonance Biosensor Systems: A Case Study of the Baikal Seal (Pusa sibirica) and the Mouse, Toxicological Sciences,2012

Govindaraj, R. G.; Manavalan, B.; Lee, G.; Choi, S.. Molecular Modeling-Based Evaluation of hTLR10 and Identification of Potential Ligands in Toll-Like Receptor Signaling, PLoS ONE, 2010,5. e12713-.

Hakamata, W.; Ishikawa, R.; Ushijima, Y.; Tsukagoshi, T.; Tamura, S.; Hirano, T.; Nishio, T.. Virtual ligand screening of α-glucosidase: Identification of a novel potent noncarbohydrate mimetic inhibitor, Bioorg. Med. Chem. Lett., 2012,22.62 – 64.

Hasegawa, M.; Yasuda, Y.; Tanaka, M.; Nakata, K.; Umeda, E.; Wang, Y.; Watanabe, C.; Uetake, S.; Kunoh, T.; Shionyu, M.; Sasaki, R.; Shiina, I.; Mizukamia, T.. A novel tamoxifen derivative, ridaifen-F, is a nonpeptidic small-molecule proteasome inhibitor, European Journal of Medicinal Chemistry,2013

Hiasa, M.; Isoda, Y.; Kishimoto, Y.; Saitoh, K.; Kimura, Y.; Kanai, M.; Shibasaki, M.; Hatakeyama, D.; Kirino, Y.; Kuzuhara, T.. Inhibition of monoamine oxidase A and stimulation of behavioural activities in mice by the inactive prodrug form of the anti-influenza agent oseltamivir, British Journal of Pharmacology, 2013.

Hidari, K. I.; Ikeda, K.; Watanabe, I.; Abe, T.; Sando, A.; Itoh, Y.; Tokiwa, H.; Morita, K.; Suzuki, T.. 3-O-sulfated glucuronide derivative as a potential anti-dengue virus agent, Biochem. Biophys. Res. Commun.,2012

Hirakawa, H.; Akita, H.; Fujiwara, T.; Sugai, M.; Kuhara, S.. Structural insight into the binding mode between the targeting domain of ALE-1 (92AA) and pentaglycine of peptidoglycan,Protein Engineering, Design and Selection,2009,22.385-391.

Hou, D.-X.; Kumamoto, T.. Flavonoids as Protein Kinase Inhibitors for Cancer Chemoprevention: Direct Binding and Molecular Modeling, Antioxid. Redox Signaling,2010,13.691-719.

Huang, J.; Hamasaki, T.; Ozoe, F.; Ozoe, Y.. Single amino acid of an octopamine receptor as a molecular switch for distinct G protein couplings, Biochem. Biophys. Res. Commun.,2008,371.610-614.

Iijima, S.; Lee, Y.-J.; Ode, H.; Arold, S.; Kimura, N.; Yokoyama, M.; Sato, H.; Tanaka, Y.; Strebel, K.; Akari, H.. A non-canonical mu-1A-binding motif in the N-terminus of HIV-1 Nef determines its activity to down-regulate MHC-I in T lymphocytes, J. Virol., 2012

Indarte, M.; Madura, J. D.; Surratt, C. K.. Dopamine transporter comparative molecular modeling and binding site prediction using the LeuT_Aa leucine transporter as a template, Proteins: Struct., Funct., Bioinf.,2008,70.1033-1046.

Isogai, H.; Hirayama, N.. A Possible Molecular Mechanism of Immunomodulatory Activity of Bilirubin,International Journal of Medicinal Chemistry,2013

Isogai, H.; Miyadera, H.; Ueta, M.; Sotozono, C.; Kinoshita, S.; Tokunaga, K.; Hirayama, N.. In Silico Risk Assessment of HLA-A* 02: 06-Associated Stevens-Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis Caused by Cold Medicine Ingredients, Journal of Toxicology,2013

Iwai, Y.; Murakami, K.; Gomi, Y.; Hashimoto, T.; Asakawa, Y.; Okuno, Y.; Ishikawa, T.; Hatakeyama, D.; Echigo, N.; Kuzuhara, T.. Anti-Influenza Activity of Marchantins, Macrocyclic Bisbibenzyls Contained in Liverworts,PLoS ONE,2011,6.e19825.

Iwaki, T.; Shiota, K.; Al-Taweel, K.; Kobayashi, D.; Kobayashi, A.; Suzuki, K.; Yui, T.; Wadano, A.. Inhibition of RuBisCO cloned from Thermosynechococcus vulcanus and expressed in Escherichia coli with compounds predicted by Molecular Operation Environment (MOE), J. Biosci. Bioeng.,2008,105.26 – 33.

Izuhara, Y.; Yamaoka, N.; Kodama, H.; Dan, T.; Takizawa, S.; Hirayama, N.; Meguro, K.; van Ypersele de Strihou, C.; Miyata, T.. A novel inhibitor of plasminogen activator inhibitor-1 provides antithrombotic benefits devoid of bleeding effect in nonhuman primates, J Cereb Blood Flow Metab,2010,30.904-912.

Katayama, K.; Wakita, T.; Kanda, T.; Sato, H.. Structural basis for specific recognition of substrates by sapovirus protease, Genomics and computational science for virus research,2013,122.

Kimura, T.; Hamada, Y.; Stochaj, M.; Ikari, H.; Nagamine, A.; Abdel-Rahman, H.; Igawa, N.; Hidaka, K.; Nguyen, J.-T.; Saito, K.; Hayashi, Y.; Kiso, Y.. Design and synthesis of potent [beta]-secretase (BACE1) inhibitors with carboxylic acid bioisosteres,David W. Robertson Memorial Issue, Bioorg. Med. Chem. Lett.,2006,16.2380-2386.

Kumamoto, T.; Fujii, M.; Hou, D.-X.. Akt is a direct target for myricetin to inhibit cell transformation,Mol. Cell. Biochem.,2009,332.33-41.

Kusakabe, K.; Tada, Y.; Iso, Y.; Sakagami, M.; Morioka, Y.; Chomei, N.; Shinonome, S.; Kawamoto, K.; Takenaka, H.; Yasui, K.; Hamana, H.; Hanasaki, K.. Design, synthesis, and binding mode prediction of 2-pyridone-based selective CB2 receptor agonists Bioorganic & Medicinal Chemistry,
2013

Manavalan, B.; Murugapiran, S.; Lee, G.; Choi, S.. Molecular modeling of the reductase domain to elucidate the reaction mechanism of reduction of peptidyl thioester into its corresponding alcohol in non-ribosomal peptide synthetases, BMC Structural Biology, 2010,10.1

Masada, S.; Terasaka, K.; Oguchi, Y.; Okazaki, S.; Mizushima, T.; Mizukami, H.. Functional and Structural Characterization of a Flavonoid Glucoside 1,6-Glucosyltransferase from Catharanthus roseus, Plant Cell Physiol., 2009,50. 1401-1415.

Mori, M.; Matsuki, K.; Maekawa, T.; Tanaka, M.; Sriwanthana, B.; Yokoyama, M.; Ariyoshi, K.. Development of a Novel In Silico Docking Simulation Model for the Fine HIV-1 Cytotoxic T Lymphocyte Epitope Mapping, PLoS ONE, 2012,7. e41703.

Murayama, N.; Imai, N.; Nakane, T.; Shimizu, M.; Yamazaki, H.. Roles of CYP3A4 and CYP2C19 in methyl hydroxylated and N-oxidized metabolite formation from voriconazole, a new anti-fungal agent, in human liver microsomes,Biochem. Pharmacol.,2007,73.2020 – 2026.

Maruyama, Y.; Ohsawa, Y.; Suzuki, T.; Yamauchi, Y.; Ohno, K.; Inoue, H.; Yamamoto, A.; Hayashi, M.; Okuhara, Y.; Muramatsu, W.; Namiki, K.; Hagiwara, N.; Miyauchi, M.; Miyao, T.; Ishikawa, T.; Horie, K.; Hayama, M.; Akiyama, N.; Hirokawa, T.; Akiyama, T.. Pseudoirreversible inhibition elicits persistent efficacy of a sphingosine 1-phosphate receptor 1 antagonist. Nature Communications, 2024, 15, 5743. doi: 10.1038/s41467-024-49893-8.
https://www.riken.jp/press/2024/20240719_4/index.html

Nishigori, M.; Nose, T.; Shimohigashi, Y.. Highly potent binding and inverse agonist activity of bisphenol A derivatives for retinoid-related orphan nuclear receptor RORγ,Toxicol. Lett.,2012,212.
205 – 211.

Ogola, H. J. O.; Kamiike, T.; Hashimoto, N.; Ashida, H.; Ishikawa, T.; Shibata, H.; Sawa, Y.. Molecular Characterization of a Novel Peroxidase from the Cyanobacterium Anabaena sp. Strain PCC 7120, Appl. Environ. Microbiol.,2009,75.7509-7518.

Okai, M.; Kubota, K.; Fukuda, M.; Nagata, Y.; Nagata, K.; Tanokura, M/. Crystal Structure of [gamma]-Hexachlorocyclohexane Dehydrochlorinase LinA from Sphingobium japonicum UT26,J. Mol. Biol., 2010,403.260 – 269.

Okamoto, S.; Yu, F.; Harada, H.; Okajima, T.; Hattan, J.-i.; Misawa, N.; Utsumi, R.. A short-chain dehydrogenase involved in terpene metabolism from Zingiber zerumbet, FEBS Journal, 2011,278.2892-2900.

Ordonez, P.; Hamasaki, T.; Isono, Y.; Sakakibara, N.; Ikejiri, M.; Maruyama, T.; Baba, M.. Anti-human immunodeficiency virus type 1 activity of novel 6-substituted 1-benzyl-3-(3,5-dimethylbenzyl)uracil derivatives, Antimicrob. Agents Chemother.,2012

Qin, H.-M.; Miyakawa, T.; Jia, M. Z.; Nakamura, A.; Ohtsuka, J.; Xue, Y.-L.; Kawashima, T.; Kasahara, T.; Hibi, M.; Ogawa, J.; Tanokura M.. Crystal Structure of a Novel N-Substituted L-Amino Acid Dioxygenase from Burkholderia ambifaria AMMD,PloS one,2013,8.e63996.

Rahman, M. M.; Akiyoshi, Y.; Furutani, S.; Matsuda, K.; Furuta, K.; Ikeda, I.; Ozoe, Y.. Competitive antagonism of insect GABA receptors by iminopyridazine derivatives of GABA, Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2012

Sakashita, H.; Akahoshi, F.; Yoshida, T.; Kitajima, H.; Hayashi, Y.; Ishii, S.; Takashina, Y.; Tsutsumiuchi, R.; Ono, S.. Lead optimization of [(S)-[gamma]-(arylamino)prolyl]thiazolidine focused on [gamma]-substituent: Indoline compounds as potent DPP-IV inhibitors, Bioorg. Med. Chem., 2007,15. 641-655.

Sassa, A.; Niimi, N.; Fujimoto, H.; Katafuchi, A.; Grúz, P.; Yasui, M.; Gupta, R. C.; Johnson, F.; Ohta, T.; Nohmi, T.. Phenylalanine 171 is a molecular brake for translesion synthesis across benzo[a]pyrene-guanine adducts by human DNA polymerase kappa, Mutation Research/Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis,2011,718.10 – 17.

Seto, T.; Ozaki, M.; Nosaka, S.. Molecular Docking of Barbital Enantiomers to the Nicotinic Acetylcholine Receptor:Implications for the Mechanism of Anesthesia, CBIJ.,2012,12.14-24.

Suhara, Y.; Watanabe, M.; Motoyoshi, S.; Nakagawa, K.; Wada, A.; Takeda, K.; Takahashi, K.; Tokiwa, H.; Okano, T.. Synthesis of New Vitamin K Analogues as Steroid and Xenobiotic Receptor (SXR) Agonists: Insights into the Biological Role of the Side Chain Part of Vitamin K, J. Med. Chem., 2011,54. 4918-4922.

Suhara, Y.; Watanabe, M.; Nakagawa, K.; Wada, A.; Ito, Y.; Takeda, K.; Takahashi, K.; Okano, T.. Synthesis of Novel Vitamin K₂ Analogues with Modification at the [omega]-Terminal Position and Their Biological Evaluation as Potent Steroid and Xenobiotic Receptor (SXR) Agonists, J. Med. Chem.,2011,54.4269-4273.

Tatara, Y.; Lin, Y.-C.; Bamba, Y.; Mori, T.; Uchida, T.. Dipentamethylene thiuram monosulfide is a novel inhibitor of Pin1, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2009,384. 394-398.

Watanabe, Y.; Ibrahim, M. S.; Ellakany, H. F.; Kawashita, N.; Mizuike, R.; Hiramatsu, H.; Sriwilaijaroen, N.; Takagi, T.; Suzuki, Y.; Ikuta, K.. Acquisition of Human-Type Receptor Binding Specificity by New H5N1 Influenza Virus Sublineages during Their Emergence in Birds in Egypt, PLoS Pathog, 2011,7.e1002068.

Xue, Y.-L.; Miyakawa, T.; Hayashi, Y.; Okamoto, K.; Hu, F.; Mitani, N.; Furihata, K.; Sawano, Y.; Tanokura, M.. Isolation and Tyrosinase Inhibitory Effects of Polyphenols from the Leaves of Persimmon, Diospyros kaki, J. Agric. Food Chem., 2011,59.6011-6017.

Yamaguchi, H.; Akitaya, T.; Yu, T.; Kidachi, Y.; Kamiie, K.; Noshita, T.; Umetsu, H.; Ryoyama, K.. Molecular docking and structural analysis of cofactor-protein interaction between NAD<sup>+</sup> and 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 2, J. Mol. Model.,2011,.1-12.

Yamaguchi, H.; Akitayam,T.; Kidachi, Y.; Kamiie, K.; Umetsu, H.. Homology modeling and structural analysis of human γ-glutamylcysteine ligase catalytic subunit for antitumor drug development,J. Biophysical Chemistry,2012,3.238-248.

Yamaguchi, H.; Kidachi, Y.; Kamiie, K.; Noshita, T.; Umetsu, H.. Homology modeling and structural analysis of human P-glycoprotein,Bioinformation,2012,8 (22).1066-1074.

Yamaguchi, H.; Kidachi, Y.; Kamiie, K.; Noshita, T.; Umetsu, H.. Structural insight into the ligand-receptor interaction between glycyrrhetinic acid (GA) and the high-mobility group protein B1 (HMGB1)-DNA complex, Bioinformation,2012,8 (23).1147-1153.

Yamaguchi, H.; Yu, T.; Kidachi, Y.; Akitaya, T.; Yoshida, K.; Kamiie, K.; Noshita, T.; Umetsu, H.; Ryoyama, K.. Selective toxicity of glycyrrhetinic acid against tumorigenic r/m HM-SFME-1 cells is potentially attributed to downregulation of glutathione, Biochimie,2011,93.1172 – 1178.

Yamaguchi, H.; Yu, T.; Noshita, T.; Kidachi, Y.; Kamiie, K.; Yoshida, K.; Akitaya, T.; Umetsu, H.; Ryoyama, K.. Ligand-receptor Interaction between Triterpenoids and the 11beta-Hydroxysteroid dehydrogenase type 2 (11beta HSD2) Enzyme Predicts Their Toxic Effects against Tumorigenic r/m HM-SFME-1 Cells, J. Biol. Chem., 2011,286. 36888-36897.

Yamakawa, N.; Suemasu, S.; Matoyama, M.; ichiro Tanaka, K.; Katsu, T.; Miyata, K.; Okamoto, Y.; Otsuka, M.; Mizushima, T.. Synthesis and biological evaluation of loxoprofen derivatives, Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2011,19. 3299 – 3311.

Yokoyama, M.; Mori, H.; Sato, H.. Allosteric Regulation of HIV-1 Reverse Transcriptase by ATP for Nucleotide Selection, PLoS ONE,2010,5.e8867.

Yoshikane, Y.; Tamura, A.; Yokochi, N.; Ellouze, K.; Yamamura, E.; Mizunaga, H.; Fujimoto, N.; Sakamoto, K.; Sawa, Y.; Yagi, T.. Engineering Mesorhizobium loti pyridoxamine-pyruvate aminotransferase for production of pyridoxamine with l-glutamate as an amino donor, J. Mol. Catal. B: Enzym.,2010,67.104-110.

当社製MOEアドオンプログラムAutoQSARを使用した論文

Cherkasov, A.; Ban, F.; Santos-Filho, O.; Thorsteinson, N.; Fallahi, M.; Hammond, G. L.. An Updated Steroid Benchmark Set and Its Application in the Discovery of Novel Nanomolar Ligands of Sex Hormone-Binding Globulin, Journal of Medicinal Chemistry, 2008,51.
2047-2056.

Hödl C, C.; Raunegger, K.; Strommer, R.; Ecker, G. F.; Kunert, O.; Sturm, S.; Seger, C.; Haslinger, E.; Steiner, R.; Strauss, W. S. L.; Schramm, H.-W. Syntheses and Antigestagenic Activity of Mifepristone Derivatives, Journal of Medicinal Chemistry, 2009,52. 1268-1274.

Hillebrecht, A.; Klebe, G.. Use of 3D QSAR Models for Database Screening: A Feasibility Study, Journal of Chemical Information and Modeling,2008,48.384-396.

Takahashi, J.; Hijikuro, I.; Kihara, T.; Murugesh, M. G.; Fuse, S.; Kunimoto, R.; Tsumura, Y.; Akaike, A.; Niidome, T.; Okuno, Y.; Takahashi, T.; Sugimoto, H.. Design, synthesis, evaluation and QSAR analysis of N1-substituted norcymserine derivatives as selective butyrylcholinesterase inhibitors, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 2010,20. 1718 – 1720.

Zhang, Y.; Hudock, M. P.; Krysiak, K.; Cao, R.; Bergan, K.; Yin, F.; Leon, A.; Oldfield, E.. Activity of Sulfonium Bisphosphonates on Tumor Cell Lines, Journal of Medicinal Chemistry, 2007,50. 6067-6079.

Zhu, H.; Tropsha, A.; Fourches, D.; Varnek, A.; Papa, E.; Gramatica, P.; Oberg, T.; Dao, P.; Cherkasov, A.; Tetko, I. V.. Combinatorial QSAR Modeling of Chemical Toxicants Tested against Tetrahymena pyriformis, Journal of Chemical Information and Modeling, 2008,48. 766-784.

title:{化合物カタログ}

MOE版化合物カタログお問い合わせ先

MOEは独自のデータベース機能により大量の化合物データも容易に取り扱えます。この機能を活かし試薬供給会社と提携して、MOE版化合物カタログを発行しています。これらカタログに登録されている延べ数百万件の化合物データを新薬候補化合物のin silico での探索にご利用頂けます。

MOE版化合物カタログでは、化合物の2次元構造に加え、物理化学的特性やフィンガープリント情報の付加を行っています。これにより、特性による絞り込みや類似化合物検索にカタログデータをそのまま使用できます。またMOE-QFSS用のインデックスファイルも収録しておりますので、MOE-QFSSを用いて部分構造/類似構造の超高速検索を実行することもできます。 MOE版化合物カタログは以下のご連絡先にお問い合わせ下さい。

ナミキ商事株式会社　ファインケミカル事業部
TEL:03-3354-4026
FAX:03-3352-2196

近年、創薬研究の効率化が多くの場面で叫ばれる中、インシリコスクリーニングの技術を用い優良な化合物を見出す作業は益々重要性を増しております。弊社では引き続き世界各国のサプライヤーと連携しスクリーニング用化合物のデータを収集し、供給性の高い独自のデータベースの構築を行っております(全750万化合物を収載)。データベースをご希望の場合は無償にてご提供致しますので弊社までお問合せを頂けますと幸いです。

キシダ化学株式会社　技術支援部ケミカルグループ
TEL:03-5625-5595
FAX:03-5625-5596

探索研究においてハイスループットスクリーニング（HTS）が普及したことに伴い、膨大な数のスクリーニングサンプルが求められるようになりました。弊社はこうしたニーズにお応えすべく、全世界から低分子化合物を取り揃え、随時新たな化合物を追加しデータベースを更新しております。これらのスクリーニング用化合物を、お客様のご要望に応じたフォーマットで提供してきておりますので、ご興味お持ちのお客様は弊社まで御連絡ください。

title:{動作環境}

動作環境

MOE 2024.06は以下のハードウェア・OSに対応しています。

アーキテクチャ	オペレーティングシステム（OS）	グラフィックス
intel	Windows 11/10 64bit	OpenGL
intel	Linux 64bit（RHEL 7, Ubuntu 12.04, Debian 8.0, Fedora 16, OpenSUSE 12.1 相当以上）（glibc 2.14以上）	OpenGL, X11
intel	macOS 10.12以上	OpenGL, X11
Apple Silicon (M1以上)	macOS 11以上	OpenGL, X11

使用モード

名称	概要	消費トークン	説明
MOE	グラフィックモード	3	MOEのグラフィック(GUI)モードです。通常のユーザまたは、アプリケーション開発者が使用します。 MOEの全ての機能が使用できます。また、操作性が最も優れたモードです。
MOE/batch	コマンドモード	1	MOEのノングラフィックモードです。長時間の計算をサーバ機で実行する場合に使用します。グラフィックモードと比較して計算速度が1割程度高速になります。MOEをサードパーティー製品に組み込んで使用することができます。
MOE/web	Webサーバ、SOAPサーバモード	1以上	MOEのWebサーバ兼SOAPサーバモードです。 MOEの特定の機能を、Webブラウザから簡単に使用できます。また、SOAPに対応したワークフローツールからhttpプロトコルを通してMOEの機能を使用できます。
MOE/smp	分散処理モード	1以上	大量のデータを複数マシンに分割処理する計算モードです。 MOEの並列計算対応アプリケーションを並列計算で実行する場合に使用します。MOE/smpは、MOEがサポートしている全てのOSを混在させたヘテロクラスタを作成することも可能です。

title:{パンフレット}

MOEの各種パンフレットのダウンロード

MOE全体パンフレット
MOE パンフレット (5.5MB)
MOE Brochure (English, 2MB)

MOE機能別パンフレット
MOE 2024.06新機能パンフレット (0.6MB)
MOEsaic (0.8MB)
核酸モデリング(0.4MB)
抗体モデリング (0.7MB)
タンパク質変異体解析 (0.5MB)
ペプチド解析 (0.3MB)
Solvent Analysis (0.3MB)

MOEカスタムアプリケーション
Bio-MOE(バイオ医薬品開発アプリケーション) (0.6MB)
MOE-QFSS(化合物ライブラリー超高速検索) (0.6MB)
MOE-ASEDock(ドッキングシミュレーション)(0.6MB)
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}:tab

MOE

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トレーニング

MOE2024.06 システム環境解説書

MOE2024.06 インストール手順書

MOE2024.06 簡易インストール手順書(MOEのインストール手順を簡易的に解説)

インストールDVDからインストールする場合の注意事項

ライセンス更新手順書

MOE 2024.0601のリリースに伴うインストールファイル名の変更について

MOEを使用した論文

当社製MOEアドオンプログラムASEDockを使用した論文

当社製MOEアドオンプログラムAutoQSARを使用した論文

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